Всё взаимосвязано.
Шесть историй - пять реинкарнаций, происходящих в разное время, тесно переплетаются между собой...
1. Тихоокеанский дневник Адама Юинга — 1849 год. История американского нотариуса, который на корабле возвращается домой. В пути он знакомится с английским доктором Генри Гузом и спасает от смерти чёрного раба Аутуа. В ходе развития сюжета оказывается, что Генри Гуз — аферист, стремящийся убить Юинга и завладеть его имуществом. Аутуа спасает Адама от смертельной дозы яда доктора Гуза и помогает ему вернуться домой к жене Тильде, дочке известного работорговца и расиста. Вместе с женой они покидают отца и едут бороться за права чёрных людей.
2. Письма из Зедельгема — 1936 год. Молодой английский композитор Роберт Фробишер дискредитирует себя, и, сбежав из университета, устраивается в секретари к знаменитому композитору Вивиану Эйрсу, с помощью которого намеревается восстановить своё доброе имя. Там он помогает Эйрсу с его сочинениями и в то же время вступает в любовную связь с женой Эйрса. Фробишер находит у Эйрса дневник Адама Юинга, о чём сообщает в одном из писем своему возлюбленному Руфусу Сиксмиту. Во время работы на Эйрса Роберт создает секстет «Облачный атлас», авторство которого Эйрс намеревается оставить за собой, объясняя это юридической стороной их соглашения (перекличка с кафе «Папы Сонга» из другой сюжетной линии). Роберт стреляет в Эйрса и убегает. Всю свою историю Фробишер описывает в письмах Руфусу, а потом кончает жизнь самоубийством, завершив работу над своим произведением.
3. Периоды полураспада. Первое расследование Луизы Рей — 1973 год. Молодая амбициозная журналистка начинает расследование об изъянах в безопасности атомных реакторов крупной энергетической корпорации, на которое её натолкнул физик-ядерщик Руфус Сиксмит. Вместе с отчетом о проверке реакторов ей в руки попадают письма сорокалетней давности, написанные Сиксмиту композитором Робертом Фробишером. Также она покупает пластинку с симфонией «Облачный атлас». Сиксмит гибнет, но расследование достигает успеха.
4. Страшный Суд Тимоти Кавендиша — Наши дни (2012 год). 60-летний издатель, сорвавший куш на бестселлере и бегущий от возмездия подельников автора, попавшего в тюрьму, по злой шутке своего родного брата попадает в дом престарелых с весьма строгими правилами содержания. Найдя сообщников, он предпринимает попытку побега, одновременно читая историю журналистского расследования Луизы Рей. После побега возвращается к возлюбленной своей молодости Урсуле и описывает все свои приключения в киносценарии.
5. Откровение Сонми-451 — история разворачивается в будущем (2144 год), в Нео-Сеуле. Всё население разделено на «чистокровных» (рожденных естественным путём) и «фабрикатов» (клонов), формирующих низший социальный класс. Сонми-451 — «фабрикат», она работает в кафе быстрого питания «Папы Сонга» — здесь клоны принимают заказы, разносят еду и убирают. Все фабрикаты обязаны носить ошейник, который позволяет смотрителю кафе убить фабриката в случае неподчинения. Они живут в ресторане, работают по 19 часов в день, питаются энергомылом и никогда не видят солнечного света. После 12 лет службы фабрикаты проходят процедуру Экзальтации, которая (как им внушают) ведет их к лучшей жизни. На самом деле их забивают и разделывают на скотобойне, а затем перерабатывают в энергомыло. Хэ Чжу Чен, член революционной группы, выкрадывает Сонми-451 из ресторации «Папы Сонга» в надежде сделать из неё символ революции. У неё была предшественница — её подруга, фабрикат Юна-939, показавшая ей тайком запрещенное для клонов кино и рассказавшая о других тайнах мира наверху, но она погибла в результате инцидента, когда пыталась сбежать из кафе, ударив унизившего её посетителя. Хэ Чжу Чен показывает Сонми старый фильм Страшный Суд Тимоти Кавендиша с Томом Хэнксом (фрагмент этого фильма на сломанном плеере ей до этого показывала Юна-939). Со станции спутниковой связи, захваченной повстанцами, Сонми обращается с воззванием («откровением») к человечеству. Там же её арестовывают. Перед казнью Сонми спокойно и снисходительно рассказывает свою историю Архивариусу — высокопоставленному лицу, пытающемуся понять её поступок.
6. Переправа возле Слуши и всё, что после — 106 зим после Крушения (2321 год). Примитивное постапокалиптическое общество на одном из Гавайских островов. Поселенцы частично деградировали и живут небольшими кланами. Срок их жизни невелик из-за радиации и загрязнения окружающей среды. Они помнят, что в результате некоего события, которое они называют «Крушение», цивилизованные народы Земли — известные как «Древние», — погибли. В этом примитивном мире Сонми-451 почитают за богиню, чтут её заповеди. Поселенцы боятся дьявола — «Старину Джорджи». Легенды гласят, что он живёт над Долиной в месте, которого боятся все Жители Долин (гора Мауна-Сол). Варвары Коны — клан каннибалов, враждующий с жителями долины. Захри (Захария) — член клана Жителей Долин. Два раза в год остров посещают для торговли Провидцы — технологически развитый клан, сохранивший остатки знаний погибшей цивилизации. Они тоже страдают от радиации, хотя и в меньшей степени, чем жители острова. В одно из таких посещений в доме Захри остается Мероним, из клана Провидцев. Захри не доверяет Мероним, но после того, как та спасает больного ребёнка по его просьбе, Захри соглашается сопроводить её в запретные земли над Долиной. Совершая восхождение, Мероним и Захри добираются до древней станции спутниковой связи. Там Мероним рассказывает Захри историю настоящей Сонми: что на самом деле она была не божеством, а человеком, и показывает её «откровение», запустив файл в воспроизводящем устройстве. Затем Мероним отправляет сигнал бедствия в просторы космоса уцелевшим во время катастрофы обитателям земных космических колоний, прося их спасти оставшихся на Земле людей. Захри и его племянница Каткин вместе с Мероним и другими Провидцами отправляются на другую планету.

В прологе и эпилоге Захри, теперь глубокий старик, живущий на другой планете, пересказывает свою историю многочисленным внукам.

https://youtu.be/rdiLxyGH8Lg