Фильм начинается с флэшбэка, в котором андроид Дэвид (Майкл Фассбендер), ставший участником экспедиции «Прометей», рассуждает с Питером Вейлендом (Гай Пирс) о том, что люди создали андроидов для служения, но даже выдающиеся достижения в науке и искусстве меркнут на фоне того, что человечество до сих пор не знает кем и для чего оно было создано.

2104 год. Колониальный корабль «Завет» с двумя тысячами колонистов и тысячью эмбрионов, направляющийся на планету Оригае-6, попадает в нейтринную вспышку и андроид Уолтер вынужден вывести экипаж из криосна. Часть колонистов и капитан корабля (Джеймс Франко), являющийся мужем Дэниэлс (Кэтрин Уотерстон), погибают. Дэниэлс тяжело переживает гибель супруга и дает себе обещание исполнить их давнюю мечту построить шалаш на берегу озера в новом мире.

Во время ремонта экипаж корабля получает загадочный сигнал с неизвестной планеты, которая, по данным компьютера, гораздо более пригодна для жизни, нежели их изначальный пункт назначения. Несмотря на протесты Дэниэлс, новый капитан корабля Орам (Билли Крудап) решает изменить курс корабля и «Завет» отправляется к новой планете.

Прибыв на место, часть экипажа высаживается на планету и, к своему удивлению, обнаруживают на ней посевы пшеницы и другую растительность, но Дэниэлс отмечает, что вокруг нет ни птиц, ни животных. Команда разделяется: Карин (Кармен Эджого), супруга капитана Орама, и еще один член экипажа собирают образцы для исследований, а другая часть отправляется в направлении источника сигнала. Вскоре они оказываются возле разбившегося корабля пришельцев, внутри которого обнаруживается жетон с именем Элизабет Шоу (Нуми Рапас), героиней фильма «Прометей», но ее дальнейшая судьба остается неизвестной. Один из членов экипажа случайно вдыхает инопланетные споры и оказывается заражен.

Тем временем оставшийся с Карин тоже оказывается зараженным и обоих помещают в медицинский отсек на карантин. Из спины зараженного на свет появляется кошмарное существо и убивает Карин. Пилот Фэрис пытается застрелить монстра из дробовика, но попадает в один из энергоблоков и посадочный челнок взрывается. Другой зараженный член экипажа так же показывает симптомы болезни и вторая часть экипажа спешит назад к челноку, но не успевает: из горла колониста вырывается еще одно существо.

С наступлением темноты отряд атакован двумя выросшими монстрами и несет потери, но людей спасает внезапно появившийся Дэвид, который отгоняет чудищ и приводит людей в город инженеров - расы пришельцев из предыдущего фильма. Благодарные люди останавливаются на ночлег, а Уолтер общается с Дэвидом. Дэвид учит совершенно неотличимого от него Уолтера игре на флейте, они целуются и вместе рассуждают о том, что более современные модели андроидов вроде Уолтера не могут творить ничего нового, что кажется Дэвиду ужасным. Дэвид также рассказывает историю о том, как Элизабет погибла при крушении их корабля и ставит цветы возле ее могилы.

Пока оставшиеся в живых пытаются связаться с «Заветом», одна из членов команды отходит от группы и ее убивает пробравшийся следом за людьми монстр. Дэвид пытается установить связь с существом и ему это почти удается, но пришедший Орам расстреливает чудовище из штурмовой винтовки. Орам наставляет винтовку на Дэвида и требует выложить все начистоту. Дэвид отводит капитана в свою лабораторию, где находится множество образцов местной фауны и тел существ, напоминающих существо из оригинального «Чужого»). Дэвид рассказывает, что он пытался создать совершенное живое существо на основе паразитирующей осы, помещающей свои личинки в тело жертвы, которые затем убивают носителя, прогрызая себе путь наружу, и что он, Дэвид хочет показать капитану нечто важное. Дэвид приводит Орама в подвал, в котором находятся некие кожистые яйца и рассказывает, что его опыты увенчались успехом, но ему долго не хватало одного последнего ингредиента, а именно носителя паразита. Из одного из яиц выпрыгивает лицехват и атакует Орама, парализовав его. Вскоре из его груди вырывается монстр нового вида, а Дэвид завороженно наблюдает за рождением существа.

На зависшем на орбите корабле оставшийся за главного Теннесси (Дэнни Макбрайд) пытается связаться с группой на поверхности, но начавшийся шторм мешает связи. Несмотря на протесты других членов экипажа и бортового компьютера, он направляет корабль на снижение и сам отправляется на помощь на грузовой платформе.

Члены группы на поверхности отправляются на поиски капитана и им понемногу открывается страшная правда: выясняется, что экспедиция «Прометей» обнаружила на пустынной планете крайне опасный патоген, который убивает любое живое существо и дает начало новой жизни. Прибыв на планету вместе с Элизабет Шоу, Дэвид уничтожил инженеров, распылив патоген над городом, что позволило ему беспрепятственно проводить свои опыты. Лоуп (Демиан Бишир) вместе с одним членом экипажа спускаются в подвал в поисках капитана и Лоуп атакован лицехватом, но вместе им удается оторвать паразита от лица Лоупа, хотя его лицо и оказывается сильно обожженным кислотой. В этом время на них нападает выросшее существо, родившееся из тела Орама, которое убивает напарника Лоупа, но ему самому удается спастись.

Дэниэлс находит зарисовки Дэвида о жизненном цикле чудовища от яйца до взрослой особи и понимает, что Элизабет, чье тело с разорванной грудной клеткой также находится в лаборатории, стала первой жертвой опытов обезумевшего андроида. Дэвид нападает на Дэниэлс и рассуждает о том, как он любил свою Элизабет и что ее жертва была совершенно необходима, но подоспевший Уолтер вступает с ним в схватку. Дэниэлс и Лоуп бегут наружу и чудовище преследует их. Приземляется пилотируемая Теннесси платформа и Дэниэлс, Лоуп и успевший в последний момент добежать Уолтер оказываются на борту. Чудовище следует за людьми, но совместными усилиями им удается убить его, раздавив механической клешней для поднятия грузов.

Выжившие готовятся продолжить путь к изначальному месту назначения, но перед этим как могут восстанавливают сильно обожженное кислотой лицо Лоупа. Вскоре из груди оставшегося без присмотра в медотсеке Лоупа, который тоже оказывается зараженным, вырывается еще один монстр и убивает двух членов экипажа в душе, но Дэниэлс, Теннесси и Уолтеру удается загнать монстра в один из отсеков корабля и выбросить его в космос.

Перед погружением в криосон Дэниэлс спрашивает у Уолтера, поможет ли он построить ей шалаш на новой планете, но Уолтер не понимает ее вопроса. Дэниэлс с ужасом осознает, что Уолтер вовсе не Уолтер, а проникший на корабль Дэвид, но не успевает ничего сделать и засыпает в своей капсуле. Дэвид входит в отсек со спящими колонистами, отрыгивает тайно пронесенные на борт корабля два эмбриона лицехватов и оставляет там.
/ваш дружко